לפניכם רשימה של קבוצות שהוכח כי קיים קשר גנטי בינם לבין היהודים, שמוצאם הוא מ-12 שבטי ישראל הקדומים.
יהודים
היהודים מיוחסים לפי המקרא לכל צאצאי שבטי ישראל שלא הוגלו מן הארץ על ידי האשורים עם חורבן ממלכת ישראל הצפונית כאשר נכבשה שומרון בשנת 722 לפנה"ס, ותושביה יצאו לגלות ברחבי האימפריה האשורית.
במקור התייחס השם: "יהודים" ככינויי לתושבי ממלכת יהודה שקמה בשנת 928 לפנה"ס בערך עם פילוג ממלכת ישראל המאוחדת, ממלכה זו נשארה נאמנה לשלטון מלכים מבית דוד, ותושביה היו בני השבטים: יהודה (שהיווה את רוב אוכלוסיית ממלכה זו ושעל שמו נקראת הממלכה), בנימין, שמעון (שתושביו נטמעו עם הזמן בתוך שבט יהודה ואיבדו את זהותם הלאומית) ובני שבט לוי שחיו בשטחי הממלכה הזו ושירתו כאנשי הדת והפולחן בבית המקדש שבירושלים.
בין השנים 586-597 לפנה"ס בא סופה של ממלכת יהודה לאחר מאבק באימפריה הבבלית בראשות נבוכדנצר השני כאשר נכבשת הממלכה וכמוה גם ירושלים, נחרב בית המקדש הראשון ותושבי ממלכת יהודה מוגלים לבבל, שבה הם חיים 67 שנים עד לכיבוש בבל בידי הפרסים ובראשם המלך כורש שהתיר ליהודים לשוב לארצם. לאחר מכן, בתיאור שיבת ציון שבספרים עזרא ונחמיה שוב נאמר כי היהודים ששבו לארץ ישראל עם הצהרת כורש היו בני השבטים הנ"ל, ואילו סופר ספר דברי הימים א' (פרק ט, פסוק ב') מוסיף בתיאורו מידע שלא מופיע מחוצה לו בתנ"ך כי היהודים הם צאצאי השבטים: יהודה, בנימין, שמעון, לוי וכמו כן גם צאצאי שבטי אפרים ומנשה (שתי השבטים האחרונים היו חלק חשוב ובלתי נפרד מתושבי ממלכת ישראל הצפונית שלא תוארו מעולם כתושבי ממלכת יהודה - ה"יהודים" - ולכן הציעו משה דוד קאסוטו ואליה שמואל הרטום בספרם המפרש את ספר דברי הימים משנת 1981 לזהות את הזכרת שני שבטים אלה כרמז לכך שתושבי ממלכת ישראל הצפונית שלא הוגלו מארצם התאחדו עם בני ממלכת יהודה שנשארו ברובם במקום מגוריהם לאחר ההגליות של תושבי הארץ לאשור, ואף נטמעו בהם, וכך נוצר מצב שגם תושבי ממלכת ישראל הם אבותיהם של עם ישראל המודרני בניגוד למיתוס עשרת השבטים האבודים).
החל ממגילת אסתר נקראים כל צאצאי שבטי ישראל בשם: "יהודים" כמעט ללא התייחסות למוצאם השבטי. עם חזרתם לארץ ישראל הקימו היהודים את פחוות יהוד, הקימו את בית המקדש השני, חיו תחת שלטון בית חשמונאי ונאבקו על עצמאותם וזהותם הייחודית מול ארצות העולם היווני-הלניסטי, וכן הוסיפו לחיות בארצם עד לתקופת כיבוש הארץ בידי הרומאים שהשתלטו עליה לחלוטין מאוחר יותר (היהודים חיו בתקופה זו שקדמה למרד הגדול ולחורבן ממלכת יהודה בשנת 70 לספירה תחת שלטון בית הורדוס), שבמהלכה הוגלו רבים מהם על ידי הרומאים כעבדים לאיזורים וחלקים רבים ושונים ברחבי האימפריה הרומאית (אירופה וצפון אפריקה למשל), שבהן הם התאגדו לקהילות יהודיות וייסדו לעצמם מנהגים ומסורות שונים הייחודיים לכל ארץ וארץ שבה התגוררו בגלות, כמו כן התקיימו גם קהילות יהודיות באסיה (למשל בתימן) ובאפריקה (למשל במצרים התלמית) שנוצרו לפני או במהלך תקופת שלטון העולם היווני-הלניסטי שקדם לשלטון האימפריה הרומאית ולפני גלות רומי, כמו כן במשך כל התקופה הזו התקיימו קהילות יהודיות בארצות שבסביבת בבל העתיקה שחיו בגלות החל מגלות בבל ועד להקמת מדינת ישראל .
בעזרת התבדלותם מן האוכלוסייה המקומית שבקרבה חיו (מה שעלה לא פעם בגינויים, נאצות, גזרות שמד ורציחות וגירושם של היהודים ממדינות שונות ממניעים אנטישמים של הסביבה) הצליחו היהודים לשמור על זהותם הלאומית קרוב לאלפיים שנות גלות וגם לשמור על מבנם הגנטי האחיד הודות לנישואי תערובת בכמות נמוכה לחלוטין עם האוכלוסייה הלא-יהודית הסובבת וגם כמות מתגיירים לא רבה שלא שינו את המבנה הגנטי האחיד והזהה של כל קהילה יהודית בגלות ברחבי תבל. מחקרים גנטיים רבים מעידים על מוצאם של היהודים מן הלבנט, ואף מעידים על קרבה גנטית בינם לבין עמים מן הסהר הפורה, מה שמחזק את מסורת היהודים להיותם במקור תושבי המזרח התיכון קודם להגלייתם מן האזור על ידי הרומאים. {{למידע בהרחבה על נושא זה לחץ על הקישור}}
עם הופעת הציונות החלו היהודים שבמשך כל 2000 שנות גלותם קיוו, התפללו וכיספו מדי יום לשוב ולחיות בארץ ישראל ובירושלים לפעול במטרה ליישם נושא זה, החלה התעוררות לאומית בקרב העם היהודי שהחל לחזור לארצו בעזרת מספר עליות לארץ ובהקמת היישוב העברי בארץ ישראל מחדש, בעיקר לאחר השואה שבה נספו שישה מיליון יהודים, וכך הוקמה מדינת ישראל שהיא מדינה מודרנית המהווה את הבית הלאומי העולמי של העם היהודי.
האנוסים
האנוסים (המכונים גם בשמות הגנאי הבאים: "הנוצרים החדשים", "קונברסוס" - 'מומרים' בספרדית, הם נקראים גם: "מאראנוס" - כינויי שמשמעותו בספרדית היא "חזירים", ו"קריפטו-ח'ודיוס" - בספרדית: "יהודים בסתר" - במקור הכינוי האחרון הוא ביוונית) הינם יהודים שנאלצו להמיר את דתם בניגוד לרצונם, לרוב לנצרות ותחת איומים על חייהם. מקרים רבים של כפיית דת החברה על היהודים שחיו בקרבה התרחשו בהיסטוריה, בעיקר באירופה שבה הוטלו גזירות שמד שונות במהלך ההיסטוריה, המקרים הידועים ביותר של כפיית הנצרות על היהודים התרחשו בספרד ובפורטוגל שבהן רבבות יהודים הוכרחו להתנצר בשל תוכנית כזו או אחרת של האוכלוסייה האיברית הלא-יהודית לקבוע את הנצרות גם כדתם של היהודים שחיו בחצי האי האיברי. חלק מן האנוסים המשיכו לקיים את מצוות היהדות בסתר משכניהם, ואילו כלפי חוץ נהגו כנוצרים לכל דבר, היו גם כאלה מהאנוסים שעזבו את ספרד ושבו ליהדותם בגלויי, אך ככל שחלפו הדורות צאצאי האנוסים איבדו בצורה מתמשכת את מסורתיהם היהודיות עד שלא קיימו שום מנהג שיכול להעיד על היותם מצאצאי היהודים האנוסים, ואילו חלק אחר המשיך לקיים מצוות יהודיות כמסורת משפחתית מבלי לדעת על הקשר שבין המעשים שהם מבצעים לבין היהדות (כמו הדלקת נרות בערב שבת). עד היום קיימות קהילות של אנשים הטוענים להיות צאצאי האנוסים ברחבי העולם, בייחוד בספרד ובפורטוגל, המדברים בפתיחות יחסית על המוצא היהודי של משפחתם, כמו כן מתחילים חלקם לחזור בפומבי ליהדותם (כמו למשל: יהודי בלמונטה).
מלבד המרות הדת הכפויות של היהודים בארצות אירופה, ידוע גם על המרת דתם של יהודים שחיו בארצות שנכבשו על ידי הערבים לאסלאם, בין מקרים הרבים מסוג זה ניתן למנות את "אנוסי משהד" שבפרס, שחיו כלפי חוץ כמוסלמים מן השורה אך המשיכו לקיים בסתר את מצוות היהדות ולשמור על זהותם היהודית במשך 120 שנה, עד שעלו בראשית שנות המאה ה-20 ובהמשך שנות המאה הזו לארץ ישראל וחזרו בגלוי ליהדותם.
על גודלה הרב של תופעת המרת הדת של היהודים לנצרות בחצי האי האיברי ("אנוסים") מעיד מחקר גנטי שפורסם בחודש דצמבר בשנת 2008, שהראה כי לכחמישית מתושבי חצי האי האיברי (19.8%) יש שורשים יהודים, שככל הנראה שמקורם הוא באנוסים עצמם.
שומרונים
עם זאת, ישנם חוקרים כאלה השוללים את טענת השומרונים ומשייכים אותם לצאצאי הכותים ("גרי האריות" מספר מלכים ב' פרק ז') שהביאו האשורים לשטחי ממלכת ישראל הצפונית במקום התושבים הישראלים שהוגלו לאזורים שונים ברחבי האימפריה האשורית כחלק מנוהל חילופי האוכלוסיות שנהגו האשורים לבצע בהגליותיהם (בין היתר על מנת למנוע מהחברה הנכבשת להתגבש ולבצע מרידות בשלטונם).
הכותים עצמם היו תושבים מערים שונות ברחבי האימפריה האשורית (בין היתר מן העיר "כותה" שעל שמה נקראו כולם בסיפור התנ"כי) שנכבשו טרם חורבן ממלכת ישראל והובאו לשטחי ישראל על ידי האשורים ככל הנראה כדי למנוע את התמרדותם של שרידי ממלכת ישראל הנותרים בארץ בשלטון האשורי במטרה לזכות בעצמאות לאומית מחודשת בארצם, ובמטרה לבסס את שלטון האשורים באזור (שכן האוכלוסייה הכותית הייתה חדשה לאזור ותלותית באשורים).
למרות המסורת הטוענת כי כל עשרת השבטים הוגלו לאשור, גם התנ"ך וגם הכתובות האשוריות מעידות שלא כך הדבר; המקרא מוסיף להזכירם בספר דברי הימים ב' (פרק ל' כמו גם בפרק ל"א) שבו מסופר כי לאחר חורבן ממלכת ישראל בימי המלך חזקיהו נשארו בתחומי ממלכת ישראל מספר תושבים או חלק מהאוכלוסייה שלא הוגלה, ושנשמע להצעתו של חזקיהו לעלות לירושלים ולחגוג שם ביחד עם תושבי ממלכת יהודה את חג הפסח באיחור של חודש ממועדו המקורי. גם תגלת פלאסר השלישי (הקרוי בתנ"ך שם: "פול") מעיד באנלים מארמונו העוסקים בכיבוש שומרון, כי הוא השאיר על נחלתם את התושבים
